舞台设定在核战争之后荒废的未来。暴力统治着世界，人们都对希望失去了信心。世界中拥有一千八百年历史持有究极暗杀拳.北斗神拳的秘传，正统传承人的健次？O肩付着使命。在流浪旅行的人们无时无刻不受着战争带来的伤痛，健次郎以救世主的身份出现在世界中。那之前强行征收平民作为奴隶，前自称为圣帝的南斗圣拳最强之男出现在了面前。