《超能英雄》第一季主要描述一群平凡人如何变得不平凡；而第二季将主要描写这群与众不同的人怎样尝试变回平凡人。为了重新过上普通人的生活，“英雄”选择了逃避，纷纷离开纽约，却有一股新的邪恶力量出现，企图围捕英雄们，让他们做平凡人的美梦破裂。 啦啦队长克莱尔和养父班奈特一家重聚，为了躲避神秘组织H.R.G，他们隐居在加州，尽可能不引人注意，可是事与愿违，克莱尔第一次谈起恋爱，却发现男友维斯特身上有着组织H.R.G的“标签”。“暴力女”妮基不再人格分裂，她学会控制自己的力量，一心想和儿子过上新生活，却发现自己被暗中监视…… 和逃亡相对应的，是反派对英雄们的追杀。从预告片中可以看到，“开脑狂人”塞勒并没有死，他将继续追杀各位英雄，通过剖开他们的脑壳从中获得超能力。同样在寻找“英雄”的神秘组织H.R.G的真面目也进一步被揭开。原本的首脑林德曼在第一季中被杀，而阿宽的父亲Kaito——组织的另一位领导人的戏份将大大加强。另外，似乎还有新出现的第三方邪恶力量代表…… 在追与逃的过程中，惊心动魄的故事逐渐展开。 在《超能英雄》第一季结束后，媒体和观众就在猜测，“暴力女”妮基、“读心术型警”帕克曼、可以穿越时空的阿宽、会自动痊愈伤口的“拉拉队长”克莱尔，还有生死未卜的内森和皮特兄弟……这些拥有超能力的“英雄”们在新一季中将面临什么样的谜团和困境？ 在剧中众多“英雄”里，很多人认为日本小胖子阿宽是最单纯、最善良，也最阳光的一个。在第一季结尾，阿宽意外地穿梭时空，回到了古代的日本。第二季的故事就从现代和古代两条线索同时展开：阿宽身处1671年日本武士的战争中，并遇到日本传奇人物——剑圣宫本武藏；在现代时空里，“英雄”们离开纽约，却遇到了更大的恐惧和挑战…… 除了阿宽的遭遇，第一季结局还留下了未解之谜——皮特、内森以及大反派塞勒的生死。皮特控制不住身体里的能量，即将“核爆”，其兄内森抱着他飞到了天上，天空出现了爆炸，而塞勒也被一刀刺中……在第二季，并不会马上交代谜底，而是直到大概第八集后，才会以“四个月前”的方式来进行倒叙，讲述内森、皮特兄弟俩和塞勒是否真的死亡。总之，错综复杂的时空交错式叙事手法，很可能会让观众有点一头雾水，但同时，跟着剧情一起破解谜题的感觉也更加刺激。